Asal usul nama Sekolah Agama Ibnu Sina ini adalah cetusan idea oleh Professor Hj Selamat bin Hashim dari Institut Pengajian Islam Ibnu Sina UTM ( Institut Pengajian dan Strategik program PPI) ketika itu beliau merupakan Pengarah Pengajian Pusat Islam UTM.Pertemuan pertama yang menjadi titik permulaan perbincangan pembukaan sekolah adalah pada tanggal 10 Oktober 2006 jam 4.30 petang.
Pertemuan ini adalah diantara Jawatankuasa Kemajuan Kampung Pemuda Jaya, Kawasan Rukun Tetangga Taman Impian Jaya,Jabatan Perpaduan,Majlis Bandaraya Johor Bahru,wakil Sijori Holdings,Pejabat Daerah &Pendaftar sekolah -sekolah Agama ,Pejabat Pendidikan Agama Daerah,Penolong Pengarah Akademik Bahagian Pendidikan Pusat Islam Iskandar ,Yang Berhormat Molizan (kini sebgai exco pendidikan )dan Yang Berhormat Halim(ADUN Puteri Wangsa ).Hasil mesyuarat tersebut maka terbentuklah jawatankuasa penaja Badan Kebajikan Sekolah Agama Ibnu Sina.
Ekoran daripada perbincangan tersebut maka bermulalah permohonan pendaftaran sekolah agama pada tarikh 2 November 2006.Kelulusan permohonan pendaftaran telah diluluskan pada 1 Disember 2006.Ekoran banjir yang melanda,sekolah yang sepatutnya dibuka pada bulan Januari ditangguhkan ke tarikh 1 Februari 2007.Maka pada tanggal inilah bermulanya sessi persekolahan.
Tenaga pengajar dan murid-murid di sekolah ini adalah daripada Sekolah Agama Kampung Maju Jaya.Seramai 3 orang guru dan 116 orang murid ditempatkan di sekolah ini.Pertambahan bilangan pelajar akhirnya meningkat hingga ke hari ini iaitu seramai 216orang murid.Kemasukan 2 orang guru pada tahun 2008 (guru DB 17 & Guru KAFA ) juga meningkatkan jumlah tenaga pengajar di sekolah ini.Pada tahun 2009 pula, sekolah menerima seorang guru gred DGA 29 dan seorang guru Tadika Agama Johor. Kini jumlah tenaga pengajar di sekolah ini seramai 7 orang.
